Banjo riceve un messaggio di SOS dal professor Minamoto, vecchio amico di famiglia ed ex assistente del padre, oltre che creatore di una nuova generazione di meganoidi da lui stesso progettati; è riuscito a fuggire a bordo di una navetta e fare un atterraggio di fortuna sulla Terra. Ed è proprio il prototipo a cui lui ha donato vita (definito "Special Primo") che gli dà la caccia, avendo ricevuto l'ordine imperativo di Don Zaucker di catturarlo vivo. Sarà necessaria tutta l'astuzia e presenza di spirito di Banjo per riuscir a districarsi dalla difficile situazione venutasi a creare: di fronte allo scontro cruento però Minamoto non regge e, affidato al giovane sul Daitarn 3 il compito di salvaguardare la libertà della Terra, si dirige - per non cadere nelle grinfie dei meganoidi - in un luogo sconosciuto...