De catastrofe 'Skyfall' werd veroorzaakt door de ingestorte orbitale ruimte kolonie die op de aarde was neergestort. In de krater op de crashlocatie wonen nu Kaiju, geboren door genmutatie. Ray, een avatar, komt naar het gebied om de verspreide 'zaden' te verzamelen, niet wetende wat daar werkelijk aan de hand is. Hij ontmoet al snel Mil, een mysterieus meisje. Is ze een mens of een Kaiju?