Kontynuacja przeboju kinowego z 2014 roku. Teraz bohaterowie muszą powrócić, by uratować miasto przed niebezpiecznym zagrożeniem. Raphael, Splinter, Donatello i Michelangelo muszą walczyć jeszcze z większymi i gorszymi złoczyńcami, którzy pod przywództwem Shreddera chcą zrealizować plan zapanowania nad światem.